안녕하세요~ 이석호세무사입니다. 
홈택스에서 조회가 불가한 경우 가장 빠른 방법은 보험회사에서 조회하는 것이라고 판단됩니다.
혹시라도 불완전하게 작성된 공제신고서는 저희 세무법인의 공제신고서 확인기간에 제시하시기 바랍니다.


<실손의로보험 안내>
실손의료보험금 수령내역의 경우 해당 보험회사 또는 홈택스에서 확인이 가능합니다.

근로자 본인의 실손의료보험금 자료는 홈택스의 My홈택스에서 조회할 수 있습니다.
*홈택스(공인인증서 로그인) > My홈택스 > 실손의료보험금 지급결과조회

다만, 부양가족의 실손의료보험금 수령내역은 부양가족 본인이 홈택스에 로그인하여 My홈택스에서 조회할 수 있습니다. 
*홈택스(공인인증서 로그인) > My홈택스 > 실손의료보험금 지급결과 조회
- 미성년자의 경우 해당 보험회사를 통해 확인하여야 하며, 가족관계를 증명하는 서류를 지참하여 세무서(법인납세과)를 방문하시면 보험금 수령내역을 확인하실 수 있습니다.
- 공인인증서가 없는 부모님의 실손의료보험금 수령 내역은 해당 보험회사를 통해 확인해야 하며, 세무서(법인납세과)를 방문하면 부모님 본인의 보험금 수령내역을 확인할 수 있다.
- 제출기한 1월 13일(또는 2월 말)이 지난 후에는 홈택스를 통해 자료가 추가로 제공되지 않으므로, 해당 보험회사에 문의해 수령금액을 확인해야 한다.

P.S. 아래 링크 참고하시기 바랍니다.
http://www.hanultax.co.kr/board/view/data/11527

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정종오님께서 쓴 글
 

안녕하세요.

실손의료비 지급내역을 조회하려고 보니 부양자 가족 재동의를 받아야 한다고 해서, 재동의를 받았는데도 실손의료비 항목에 노출이 안되고 있습니다.
여기저기서 검색을 해보니 보험사마다 국세청에 자료제공일이 달라 아직 나오지 않는 곳도 있다고 하더라구요. 
금일내에 신고서를 작성완료해야 하는데, 혹시 이미 지급받은 차감액은 입력하지 않고 작성한 후에 조회가 되면 차감액을 다시 입력해도 되는지요?
그리고 미성년 자녀의 경우 부모인증만으로도 조회가 가능하다고 하는데 맞나요? 신청되었다고는 되어 있는데 신청된 것이 맞는지 잘 확인이 안되서요.
부양가족 조회에는 나오고 실손의료비쪽에는 아직 안나오다보니 재인증이 완료한 건지 구분이 어렵네요.